Zu den Auftraggebern des Öko-Instituts gehören Bundes- und Landesministerien, Europäische Institutionen, Kommunen und weitere Institutionen der öffentlichen Hand, ebenso wie Unternehmen unterschiedlicher Branchen und Institutionen aus Forschung, Bildung und Beratung. Darüber hinaus ist das Institut auch für Nicht-Regierungsorganisationen und Umweltverbände tätig.